Gewogen gen co-expressie netwerkanalyse van het perifeer bloed van Amyotrofische Laterale Sclerose patiënten
09-10-2009
Amyotrofische Laterale Sclerose (ALS) is een dodelijke ziekte die gekenmerkt wordt door de progressieve degeneratie van motorische neuronen in de hersenen en het ruggenmerg. De diagnose is voornamelijk gebaseerd op klinische symptomen en momenteel is er geen behandeling om de ziekte te stoppen of de progressie ervan te vertragen.
Aangezien het onmogelijk is ruggenmergweefsel af te nemen bij het begin van de ziekte, hebben we veranderingen in genexpressieprofielen in volledig bloed van ALS-patiënten bestudeerd.
Resultaten: Onze transcriptionele studie wees op opvallende veranderingen in het bloed van ALS-patiënten; 2300 sondes (9,4%) toonden een aanzienlijke differentiële expressie in een gegevensset bestaande uit 30 ALS-patiënten en 30 gezonde controlepersonen. Er werd gebruik gemaakt van gewogen gen co-expressie netwerkanalyse om ziekte-gerelateerde netwerken (modules) en ziekte-gerelateerde hubgenen op te sporen.
Er werden twee grote co-expressie modules gevonden die gelinkt kunnen worden aan ALS. Onze bevindingen werden herhaald bij een tweede (30 patiënten en 30 controlepersonen) en een derde (63 patiënten en 63 controlepersonen) gegevensset. Dit toonde aan dat er een erg belangrijk en consequent verband is tussen twee grote co-expressie modules en de ALS-status.
“Ingenuity Pathway Analysis” van de ALS-gerelateerde module genen impliceert een verbetering van functionele categoriëen van genetische afwijkingen, neurodegeneratie van het zenuwstelsel en inflammatoire ziektes. De ALS-gerelateerde modules bevatten een aantal kandidaat-genen die betrokken kunnen zijn bij het ontstaan van de ziekte.
Conclusie: Dit eerste grootschalige gen-expressie onderzoek van bloed van ALS-patiënten heeft verschillende patronen ontdekt tussen patiënten en controlepersonen wat nieuwe mogelijkheden kan bieden voor de ontwikkeling van biomarkers en ook nieuwe inzichten geeft in de moleculaire mechanismen van de ziekte.
Auteur: Christiaan SarisSteve HorvathPaul van VughtMichael van EsHylke BlauwTova FullerPeter LangfelderJoseph DeYoungJohn WokkeJan VeldinkLeonard van den BergRoel Ophoff
Vertaling: Marjolein Nootaert
Bron:BMC Genomics
