Analyse intégrative de la sclérose latérale amyotrophique à l'échelle du transcriptome en vue d'identifier des marqueurs génétiques et des candidats-médicaments potentiels

07-04-2021

Résumé

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neuromusculaire dégénérative. Bien que les études d'association pangénomique (GWAS) aient permis d'identifier de nombreux variants étroitement associés à la SLA, il reste difficile de caractériser les mécanismes biologiques sous-jacents à cette maladie. Au cours de cette étude, nous avons mené une étude d'association à l'échelle du transcriptome (TWAS) afin d'identifier les gènes spécifiques associés à la SLA. À partir de la statistique sommaire la plus étendue de la GWAS consacrée à la SLA (n = 80 610), nous avons identifié sept nouveaux gènes en utilisant 19 panels de référence tissulaire. Nous avons effectué une analyse conditionnelle afin de vérifier l'indépendance des gènes et de confirmer qu'ils sont déterminés par des expressions génétiques. En outre, nous avons réalisé une analyse d'enrichissement basée sur la TWAS pour mettre en évidence l'association de voies biologiques majeures, notamment une dans chacun des quatre panels de référence tissulaire. Pour terminer, nous avons établi une carte de connectivité, soit une base de données regroupant les profils d'expression des cellules humaines cultivées avec des petites molécules bioactives. Ainsi, nous avons découvert des associations fonctionnelles entre les gènes et les médicaments, permettant d'identifier 15 petites molécules bioactives susceptibles d'être des candidats-médicaments pour la SLA. En intégrant la statistique sommaire la plus étendue de la GWAS portant sur la SLA à l'expression génétique, dans le but d'identifier de nouveaux loci de risque et de nouveaux gènes causaux, nous considérons que notre étude fournit des candidats solides pour des expériences sur les bases moléculaires de la SLA.

 

Traduction : Emilie Poissonnier

Source : International Journal of Molecular Sciences

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