Prize4Life, Bionetworks Sage et DREAM vous annoncent les gagnants du défi de Stratification SLA

Prize4Life, Bionetworks Sage et la communauté de DREAM ont annoncé aujourd'hui les lauréats du DREAM ALS Stratification Prize4Life Challenge, une compétition globale d'analyse des données afin d'identifier par le calcul de différents sous-groupes de patients SLA. Dans la SLA, il n'y a actuellement aucun moyen de déterminer si une personne ayant la maladie va survivre la moyenne de 3 à 5 ans après le diagnostic ou vivra avec la SLA encore des décennies. Le but du défi est de trouver des réponses qui peuvent aider la pratique clinique, de nouvelles conceptions d’essai et des approches personnalisées pour la découverte et le développement de nouveaux médicaments en SLA.

« Nous voulons accélérer la découverte de médicaments en SLA et croyons que les percées critiques viendront de nouvelles façons de penser, collaborer et trouver des idées, » a dit Shay Rishoni, CEO de Prize4Life. « Je suis excité par les résultats du défi Stratification SLA et je tiens à féliciter les gagnants qui ont nettement dépassé les attentes. »

Les participants étaient libres de participer en tant qu'individus ou équipes et pouvaient travailler dans 4 différents défis secondaires.

Pour le challenge n°1, le vainqueur est l’équipe UglyDuckling du département informatique et ingénierie d’nformation du National Cheng Kung University, Taiwan. L'équipe est composée de Mr. Fang Wen-Chieh, Huan-Jui Chang, Chen Yang, Prof. Hsih-Te Yang et Prof. Jung-Hsien Chiang. Dr-Chieh Wen Fang, un post-doc au laboratoire du Prof. Jung-Hsien Chiang, est le leader. Il s'agit de la deuxième DREAM Challenge participation de l'équipe UglyDuckling et la première victoire.

Pour le challenge n°2 et n° 4, le vainqueur est l'équipe Guanlab_Umich du département de médecine informatique et bio-informatique à l'Université du Michigan, USA. Prof. Yuanfang Guan est un membre du corps professoral et après avoir remporté sept défis du DREAM (trois en 2015 déjà), est un expert émergent en apprentissage automatique.

Pour le défi n°3, le gagnant est l’équipe Jinfeng_Xiaofrom du centre de biophysique et biologie quantitative à l'Université de l'Illinois,USA. Jinfeng Xiao est un étudiant de deuxième année de doctorat et un gagnant répétitive du défi. Il s'agit de la première victoire individuelle de Xiao.

« Nous remercions les participants du défi DREAM ALS Stratification Prize4Life, » a dit Stephen Friend, Président, co-fondateur et directeur de Sage Bionetworks. « La SLA est une maladie variable et la vitesse de progression est différente d'une personne à l'autre. Grâce à notre approche comme communauté, nos participants ont pu miner dans la plus vaste base de données d’essais cliniques SLA et des registres et ont pu produire des modèles de calcul prometteurs pour trouver des modèles et pour identifier des sous-groupes de patients en SLA. »

Les équipes gagnantes se partageront une bourse de $ 28 000, seront invitées à présenter leurs modèles gagnantes lors de la DREAM Conference on Regulatory and Systems Genomics meeting le 16-18 novembre et ont la possibilité d’être le co-auteur d’un document de présentation du défi pour lequel le partenaire est Nature Biotechnology.

Le défi de Stratification SLA est une compétition unique définie par la diversité de ses participants et les grands sponsors. Le défi représente plus de 70 participants de 30 équipes dans 15 pays et a été parrainé par de grandes sociétés axées sur la recherche biopharmaceutique comme Biogen et Eli Lilly. IBM a également appuyé le défi avec des ressources informatiques. Le prix en argent a été soulevé par une campagne de crowdfunding appelée « Donnez pour le prix » qui a couru en hiver 2014-2015 et a réussi à soulever $ 28 000 pour les prix.

« La communauté participante et les gagnants du défi nous aideront à approfondir notre compréhension de la SLA, une maladie dévastatrice et compliquée, » a dit Gustavo Stolovitzky, fondateur de DREAM d’IBM Research et de l'école de médecine de l'Icahn au Mont Sinaï. « Crowdsourcing une base de données puissante et des participants qui soumettent leur code source pour prédire le pronostic patient ont avancé la mission de Sage Bionetworks et du DREAM à encourager la science ouverte et collaborative tout en abordant le problème de la stratification dans la SLA. »

Prize4Life a fourni la plus grande base de données cliniques de SLA accessible dans le monde (Pro-ACT : ALSDatabase.org), développée avec NEALS et MGH, qui a servi de base pour le défi ainsi que les registres nationaux de la SLA d'Irlande et d'Italie. Sage Bionetworks et DREAM ont créé une plate-forme de défi virtuelle appelée Synapse (www.synapse.org) où les participants avaient accès à les données et ont partagé des idées.

Les participants du défi ont effectué les travaux grâce aux ressources informatiques du cloud offerts par IBM. Une caractéristique technique intéressante de ce défi est que les participants ont présenté leurs algorithmes librement dans un cadre portable vers le cloud d'IBM pour la notation. À la fin du défi, toutes les méthodes d'analyse présentées seront disponibles sur le plateforme Synapse de Sage comme une ressource de bibliothèque et comme ressource pour la communauté qui peut servir pour la recherche en cours.

« Nous sommes déterminés à trouver des réponses à l'SLA et dédiés au soutien des nouvelles approches comme le crowdsourcing et l’analyse de données volumineuses qui ont le potentiel d'apporter une vue puissante sur la maladie, » a déclaré Donald R. Johns, M.D., Vice-Président, du développement SLA à Biogen. « Nous sommes reconnaissants vis-à-vis des participants du défi DREAM ALS Stratification Prize4Life qui ont créé de nouvelles connaissances et un référentiel important pour la recherche que peuvent apporter des essais améliorés, de nouveaux traitements et de l’espoir aux patients SLA.

Traduction : ALS Liga : Anne

Source : PharmiWeb.com