C27 Toekomstige richtingen in genomica-onderzoek voor ALS

27-11-2019

PRESENTATIES ALS SYMPOSIUM PERTH DECEMBER ‘19

Sessie 3 Genomica

Naomi Wray University of Queensland, Brisbane, Australië

Achtergrond: dankzij de technologische vooruitgang die de voorbije tien jaar geboekt werd, kunnen het genoom, het epigenoom en het transcriptoom voortaan makkelijker gemeten worden. Door middel van een vergelijkend onderzoek van die data tussen verschillende casussen en controles, kunnen ziektegerelateerde genen geïdentificeerd worden. Zo kunnen we een duidelijker beeld verkrijgen van de biologie van ALS.

Terwijl het genoom hetzelfde is in elke cel en doorheen het leven, kunnen metingen in andere ‘omica’ biologische antwoorden blootleggen op het leefmilieu en het ziekteproces van patiënten. Verschillen in ‘omica’-metingen tussen casussen en controles onderling kunnen resulteren in hypotheses over ziekteprogressie. Bovendien kunnen verschillen tussen casussen helpen een beter begrip te krijgen van zowel ziekteprogressie als individuele heterogeniteit. Een beperking van die benadering is dat oorzaken en gevolgen van de ziekte mogelijk met elkaar verward worden.

Een andere benadering bestaat erin de genoomdata van ALS-casussen/controles te integreren in de ‘omica’-data van gezonde personen. Die integratie gebeurt via DNA-polymorfismen, bijvoorbeeld: indien een DNA-polymorfisme gelinkt wordt aan ALS, kunnen we referentiedatasets onderzoeken om te weten te komen of de variabele de variatie controleert tussen mensen in DNA-methylatie of genexpressie. En indien dat zo is, kunnen we te weten komen of die controle van de genexpressie al dan niet weefselspecifiek is. Op die manier kunnen bio-informatica analyses op een snelle en goedkope manier hypotheses genereren voor testing in een laboratorium.

Door de snelle technologische veranderingen gaat het om een snel evoluerend onderzoeksdomein. Maar het potentieel qua kennisontwikkeling is nog groter; zo komen er almaar meer referentiedatasets die DNA-polymorfismen identificeren die een impact hebben op de variatie in specifieke celtypes.

Op basis van voorbeelden van onze interne data met betrekking tot genomen, epigenomen en transcriptomen in ALS en andere aandoeningen, willen we besluiten dat de technologieën veelbelovend zijn om het begrip van ALS te verhogen. Gezien de grote klinische heterogeniteit tussen mensen die gediagnosticeerd werden met ALS en de miljoenen metingen die uitgevoerd kon worden met die technologieën, zijn er grote steekproefcohorten nodig om geldige en herhaalde resultaten te genereren. Bijgevolg is het voor de ALS-patiënten van vandaag zeer belangrijk dat er door middel van klinische metingen en biologische steekproeven bijgedragen wordt tot ALS-onderzoek. Dankzij het feit dat we zicht hebben op wat huidige en toekomstige ‘omica’-technologieën kunnen bieden, hebben we immers het SALSA Systems Genomics Consortium kunnen oprichten met financiële steun van de Ice Bucket Challenge in Australië.

 

Vertaling: A. Engelen

Bron: Abstract Book symposium Perth

Share